Từ tháng 10/1986 đến tháng 6/1996, Ông Phùng Thanh Hải là nhân viên Phòng Kế toán - Công ty CP mía đường Lam Sơn. Từ tháng 7/1996 đến tháng 2/2017 ông giữ chức Kế toán trưởng Hiệp hội mía đường Lam Sơn. Từ tháng 7/2003 đến tháng 4/2011 ông là Kiểm soát viên - Ban kiểm soát Công ty CP mía đường Lam Sơn nhiệm kỳ II và III. Từ tháng 12/2014 đến tháng 01/2019 ông giữ chức vụ Chủ tịch HĐQT Công ty cổ phần phân bón Lam Sơn. Từ tháng 6/2014 đến nay ông là Thành viên HĐQT - Phó Chủ tịch Hiệp hội mía đường Lam Sơn.