Từ tháng 10/2004 đến tháng 12/2014, ông Lê Huy Hùng là Kế toán viên Phòng Tài chính kế toán - Công ty cổ phần mía đường Lam Sơn. Từ tháng 01/2015 đến tháng 04/2015 ông đảm nhiệm vị trí Kế toán trưởng Công ty CP phân bón Lam Sơn. Từ tháng 05/2015 đến tháng 02/2019, ông là Phó Phòng TCKT Công ty CP mía đường Lam Sơn. Từ tháng 03/2019 đến tháng 10/2021, ông giữ chức Phó Ban Kiểm toán nội bộ - Công ty CP mía đường Lam Sơn. Từ tháng 11/2021 đến nay ông được bổ nhiệm chức vụ Trưởng Ban kiểm soát Công ty CP mía đường Lam Sơn.